Julian Brace realiseerde zich al snel dat durfkapitalisten geen grote cheques zouden uitschrijven voor twee oprichters onder de 30 die een volgens hem “tegendraadse” benadering nastreven bij het gebruik van AI om nieuwe medicijnen te ontwerpen.
Dus hij maakt de weddenschap zelf.
Na vier jaar aan AI-projecten bij Amazon te hebben gewerkt, verliet Brace de technologiegigant om zijn visie zelf te financieren. Met behulp van persoonlijke spaargelden en de opbrengsten uit online handelen investeerde hij een bedrag van zes cijfers in Wortelstokonderzoekeen in Seattle gevestigde startup die op bestelling gemaakte, kleine medicijnachtige moleculen ontwikkelt.
Na de lancering vorig jaar kwam de startup met vijf medewerkers onlangs uit de stealth. Naast CEO Brace, die een diploma wiskunde, informatica en economie heeft behaald aan de Universiteit van Albany, bestaat het leiderschap van Rhizome uit:
- Yiwen Wangmede-oprichter en hoofdwetenschapper, die een doctoraat in de scheikunde heeft behaald aan de Carnegie Mellon University.
- Gregorius Sinenkahoofdtechnoloog, gepromoveerd in de natuurkunde en gewerkt bij een Europees onderzoekscentrum en Johnson & Johnson.
- Jan Trotsvoeteen voormalige in de VS gevestigde directeur van de afdeling Medicinale Chemie van Boehringer Ingelheim, fungeert als wetenschappelijk adviseur.
Een andere benadering van het ontdekken van medicijnen
In plaats van te werken vanuit bestaande tools voor het bouwen van moleculen, heeft Rhizome zijn eigen verfijnde basismodel gebouwd, genaamd r1. De technologie is een ‘grafisch neuraal netwerk’ en is getraind op meer dan 800 miljoen kleine medicijnachtige moleculen.
De aanpak verschilt van het populaire RoseTTAFold-model van het Institute for Protein Design van de Universiteit van Washington, dat in de kern gebaseerd is op de aminozuren die eiwitten bouwen.
Het r1-model richt zich op de atomen en bindingen waaruit een molecuul bestaat en op de topografie ervan. Dat is waar het grafiekidee om de hoek komt kijken: de atomen zijn analoog aan de punten in een grafiek, terwijl de bindingen verwant zijn aan de verbindingslijnen.
Het team streeft ernaar om op fragmenten gebaseerde geneesmiddelen te ontdekken, waarbij kleine moleculen worden gecreëerd die zijn geoptimaliseerd om zich te binden aan door de klant gespecificeerde doelen. Ze zullen ervoor zorgen dat elk kandidaat-medicijn efficiënt in het laboratorium kan worden gesynthetiseerd en geschikt is voor patentbescherming.
Rhizoom vorige week vrijgelaten ADAMSeen open-source, geautomatiseerde AI-tool die natuurlijke taalinstructies gebruikt om de binding tussen biologische moleculen te simuleren. Het is ook van plan MolSim te delen, een op fysica gebaseerde simulatie die gebruikmaakt van geavanceerde, vrije-energieberekeningen die voorspellen hoe sterk een klein molecuul zich aan zijn doelwit zal binden. MolSim zal niet open source zijn.
Visie voor een hub in Seattle
Rhizome is onlangs partnerschappen aangegaan met natte laboratoria die de prestaties in de praktijk kunnen valideren van de potentiële medicijnen die het ontwerpt, en onderzoekt klantrelaties.
Brace opereert vanuit Funderingende in Seattle gevestigde startup-gemeenschap, gelanceerd door ondernemer en investeerder Aviel Ginzburg. De andere medewerkers van Rhizome werken op afstand, maar het plan is om mensen naar Washington te halen.
“Ik wil van Seattle echt een soort hub maken voor de ontdekking van kleine moleculen,” zei Brace.
Hij wees op het Allen Institute, het Institute for Protein Design en andere organisaties in de omgeving van Seattle als belangrijke spelers. De regio is ook de thuisbasis van een reeks gerelateerde startups voor het ontwerpen van geneesmiddelen, waaronder Pauling.AI, Synthetiseer Bio En Xaira Therapeuticagevestigd in San Francisco en laboratoria in Seattle.
Brace zei dat hij energie krijgt van de mogelijkheid om aan een project te werken dat een betekenisvolle impact op de mensheid zou kunnen hebben, en dat hij er geen spijt van heeft dat hij daarvoor zijn eigen geld heeft ingezameld. Hij is over het algemeen optimistisch over het gebruik van AI voor het ontwerpen van moleculen, of het nu gaat om de gezondheidszorg of op gebieden als materiaalkunde en geavanceerde productie.
“Dit is de interessantste probleemruimte om in te zitten”, zei Brace.
